Il monastero di Gratosoglio, situato presso l'antica strada Milano-Pavia, fu fondato tra il 1107 e il 1130 da un gruppo di monaci benedettini, appartenenti alla giovane osservanza vallombrosiana che, giunto in città trovò l'appoggio di un gruppo di istituzioni e di personaggi favorevoli al programma di riforma della Chiesa. Avvenne così la fondazione della comunità e la costruzione del monastero, dedicato a San Barnaba apostolo, all'epoca ritenuto fondatore della Chiesa milanese. Nei primi tre secoli di vita, la piccola comunità monastica, che al massimo contò una decina di persone, godette di una notevole prosperità economica e partecipò attivamente alle vicende cittadine. La decadenza si manifestò tra la fine del '300 e la metà del '400. Dal 1545 il monastero di Gratosoglio rimase abbandonato a sé stesso. Gli abati commendatari (cioè non più eletti dai monaci, ma nominati direttamente dal Papa) per assicurare l'officiatura della chiesa, almeno fino al 1567 fecero risiedere nell'ex-monastero sacerdoti secolari, seguiti dai carmelitani "calzati" della congregazione di Mantova, giunti tra il 1567 e il 1573, e nel 1600 dal terz'ordine francescano che vi rimase fino alla soppressione, disposta nel 1782 dall'imperatore Giuseppe II.

Il 4 aprile del 1783 veniva istituita la parrocchia, che verso la metà del secolo scorso fu trasferita nell'attuale sede, progettata dalla Scuola d'arte sacra Beato Angelico e consacrata il 24 aprile 1946 dal cardinale Schuster.

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